Willem Aantjes werd in 1959 lid van de Tweede Kamer voor de protestante Anti-Revolutionaire Partij (ARP), de partij waar hij later fractievoorzitter van werd. In de jaren zeventig was hij nauw betrokken bij de oprichting van het CDA, een fusie van twee protestantse politieke partijen (ARP en CHU) en de katholieke KVP. Aantjes, in een biografie van Roelof Bouwman omschreven als een ‘berekenende machtspoliticus’, werd daarna de eerste voorzitter van het CDA, al was dat van korte duur.

Oorlogsverleden

In 1978 verkondigde historicus Loe de Jong live op televisie dat Aantjes tijdens de Tweede Wereldoorlog lid was geweest van de Waffen SS en dat hij als bewaker in een strafkamp bij Assen had gewerkt. Aantjes trok zich terug uit de Tweede Kamer en werd opgevolgd door de latere premier Ruud Lubbers.

Een jaar later bleek dat het verhaal van De Jong niet helemaal klopte. Toen Aantjes in Duitsland als postbode was gestationeerd had hij zich proberen aan te sluiten bij de Germaanse SS, naar eigen zeggen om zo terug naar Nederland te kunnen. Toen hij weigerde daadwerkelijk dienst te nemen werd Aantjes vastgezet in het strafkamp bij Assen.

Hoewel hij na de ‘Aantjes-Affaire‘ geen grote rol meer mocht spelen binnen de partij, bleef Aantjes wel CDA-lid.

PVV

In 2010 sprak hij zich nog negatief uit over de samenwerking van de christen-democraten met de PVV van Geert Wilders.

Afgelopen jaren liet Aantjes nog af en toe van zich horen. Zo was hij fel tegenstander van de samenwerking tussen het CDA en de PVV van Geert Wilders. Hij vreesde daarbij voor de toekomst van de partij. De partij van Geert Wilders was volgens hem niet democratisch

In februari 2012 zei hij daarover in een interview met NU.nl: “De prijs die we hebben betaald is al zo groot geweest, we zijn niet bereid om daar nog meer voor te betalen. Wat kan het CDA nou nog gebeuren? Kunnen we nog meer verliezen? We hebben haast niets meer te verliezen. Laten we nou maar in godsnaam onszelf worden.”